Solo in casi molto rari, una reazione allergica da antibiotici può essere grave e portare all'anafilassi: in quel caso viene trattata come un'emergenza medica. L'anafilassi si verifica nelle persone allergiche a determinati tipi di antibiotici, ad esempio la penicillina: ecco perché il medico verifica se si hanno allergie prima di prescrivere antibiotici. L'automedicazione con antibiotici potrebbe nei casi più gravi addirittura mettere a rischio la vita del paziente, perché manca la protezione dell’avere un medico coinvolto per verificare che il paziente non soffre di allergie e se il tipo di antibiotico è indicato per il paziente e per la sua condizione.