Preriscaldare il forno a 190°C.
Con un cucchiaio, estrarre la polpa delle melanzane lasciando il guscio intatto.
Tagliare la polpa a cubetti e metterla da parte.
Riscaldare l'olio in una padella e soffriggere l'aglio e la cipolla per farli ammorbidire. Aggiungere la polpa di melanzane a cubetti, il pomodoro e la quinoa cotta. Mescolare bene e cuocere a fuoco lento per 10 minuti.
Rimuovere dal fuoco, lasciare raffreddare leggermente, quindi aggiungere la ricotta, le foglie di basilico e metà del parmigiano. Condire a piacimento.
Usando un cucchiaio, riempire le melanzane con il composto e disporle in una teglia da forno. Cospargere con il parmigiano rimanente.
Cuocere al forno per 25-30 minuti, fino a quando le melanzane sono ben cotte e hanno un aspetto dorato.
Servire guarnendo con le foglie intere di basilico.