Quando a água está contaminada, ela pode afetar sua digestão, seus níveis de energia e seu sistema imunológico, de acordo com a Organização Mundial da Saúde. Mesmo que a água não esteja perigosamente contaminada, a má hidratação devido ao gosto ou odor desagradável pode causar dores de cabeça, fadiga e tensão nos rins. A água dura, que contém altos níveis de cálcio e magnésio, pode causar pele seca, danos ao cabelo e pedras nos rins em algumas pessoas.
A exposição prolongada a água não potável pode aumentar o risco de doenças como câncer, problemas cardíacos e danos renais. Metais pesados como chumbo, arsênico ou mercúrio na água potável podem contribuir para o declínio cognitivo, distúrbios neurológicos, desequilíbrios hormonais e aumento do risco de câncer, devido aos produtos químicos de atividades industriais e agrícolas que se infiltram nas fontes de água.
O acúmulo de microrganismos é uma das principais causas de muitas doenças transmitidas pela água, como cólera, disenteria, hepatite A, febre tifóide, poliomielite e doenças parasitárias como a esquistossomose.