Según la organización mundial de la salud, el agua contaminada puede afectar a la digestión, los niveles de energía y el sistema inmunitario. Incluso si el agua no está contaminada de forma peligrosa, una hidratación deficiente debido a su mal sabor u olor puede provocar dolores de cabeza, fatiga y tensión renal. El agua dura, que contiene altos niveles de calcio y magnesio, puede provocar sequedad en la piel, daños en el cabello y cálculos renales en algunas personas.
La exposición prolongada a agua insalubre puede aumentar el riesgo de enfermedades como el cáncer, problemas cardíacos y daños renales. Los metales pesados como el plomo, el arsénico o el mercurio en el agua potable pueden contribuir al deterioro cognitivo, trastornos neurológicos, desequilibrios hormonales y aumento del riesgo de cáncer, debido a los productos químicos de las actividades industriales y agrícolas que se filtran en las fuentes de agua.
La acumulación de microorganismos es una de las principales causas de muchas enfermedades transmitidas por el agua, como el cólera, la disentería, la hepatitis A, la fiebre tifoidea, la poliomielitis y enfermedades parasitarias como la esquistosomiasis.